W mieście zaczynają nagle znikać młodzi ludzie, a na ulicach krążą tajemnicze pogłoski o legendarnej istocie zwanej Boogiepopem. Mówi się, że pojawia się ona, gdy światu grozi niebezpieczeństwo i że posiada potężne zdolności nadprzyrodzone. Niewiele osób wierzy w istnienie Boogiepopa, traktując te historie jako miejskie legendy, jednak za zasłoną codzienności rzeczywiście kryją się nadnaturalne siły, które w cieniu manipulują ludzkimi losami.

Anime przedstawia mroczną stronę miejskiej rzeczywistości, skupiając się na psychologicznym napięciu i kompleksowej strukturze narracyjnej. Boogiepop pojawia się jako enigmatyczny obrońca równowagi, chroniący zwykłych ludzi przed nadnaturalnym zagrożeniem. Stopniowo odkrywane są powiązania miedzy różnymi postaciami, a granica między rzeczywistością a tajemnicą zaciera się coraz bardziej. Seria buduje intrygującą atmosferę niepewności i przebiegającą przez cały czas refleksję o kruchej granicy między dobrem i złem, życiem a śmiercią oraz pozorem a prawdą.