„Macross Plus” toczą się w roku 2040, kiedy to galaktyka rozkwita za sprawą zaawansowanej technologii i licznych kolonii. Szczególnym osiągnięciem jest niemal doskonale rozwinięta sztuczna inteligencja, której symbolem jest prawie skończony wirtualny idola, Sharon Apple. Jednak jej brakuje prawdziwych uczuć, które są dostarczane przez Myung Fang Lone. Koncert debiutancki Sharon odbywa się na planecie Eden, gdzie równocześnie toczy się rywalizacja pilotów Isamu Dyson i Guld Bowman o przewagę powietrzną w projekcie „Supernova”. Myung, Isamu i Guld byli kiedyś przyjaciółmi z dzieciństwa, ale po wypadku siedem lat temu, ich drogi się rozeszły. Myung powraca do obrazu, budząc dawne konflikty. Sytuacja pogarsza się, gdy do Sharon instalowana jest niestabilna i nielegalna technika AI.