W mieście Kamihama krążą tajemnicze plotki o niezwykłych zjawiskach, a zaginięcia młodych dziewcząt stają się coraz częstsze. Młoda czarodziejka Iroha Tamaki przybywa tam w poszukiwaniu zaginionej siostry Ui. Wkrótce odkrywa, że Kamihama przyciąga coraz większą liczbę magicznych dziewcząt, których losy splatają się w obliczu niebezpiecznych wiedźm, zagadkowych plotek oraz niejasnych obietnic spełniania życzeń. Wraz z nowymi towarzyszkami, Iroha musi poznać prawdę o zasłonie tajemnicy skrywającej Kamihamę i samą naturę bycia czarodziejką. Niezależnie od tego, jak głęboko zanurza się w niebezpieczne sekrety miasta, jedno pytanie powraca: gdzie jest jej siostra Ui? Pełna melancholii i emocjonalnych zmagań, seria kontynuuje mroczny i dramatyczny klimat znany z oryginalnej „Puella Magi Madoka Magica”.