Rune Balot kontynuuje swoją zaciętą walkę o przetrwanie w ponurym, futurystycznym Mardock City. Po dramatycznych wydarzeniach, które niemal pozbawiły ją życia, dziewczyna została odbudowana dzięki zaawansowanej technologii cybernetycznej i zyskała nadludzkie moce. Wspierana przez swojego niezwykłego opiekuna, Œufcoque’a, stara się rozwikłać mroczną intrygę kryjącą się za jej własną śmiercią oraz działalnością tajemniczej korporacji. „The Second Combustion” eksploruje dalszą ewolucję Rune, gdy staje twarzą w twarz z niebezpiecznymi przeciwnikami i własnymi demonami. Całość jest utrzymana w mrocznym, cyberpunkowym klimacie, pełnym moralnych dylematów, widowiskowych starć i egzystencjalnych pytań na temat człowieczeństwa, tożsamości oraz granic technologii.