W dalekiej przyszłości ludzkość zmuszona jest do życia w kosmosie po tym, jak tajemnicza rasa obcych znana jako „Victim” doprowadziła do katastrofy na Ziemi. Ostatnią ostoją ludzkości pozostaje kolonia Zion, chroniona przez potężne humanoidalne maszyny bojowe zwane „Boginiami” (Megami). Historia koncentruje się wokół młodego Zero Enny, entuzjastycznego i ambitnego chłopca, który staje się kandydatem na pilota jednej z tych legendarnych maszyn. Razem z innymi kandydatami rozpoczyna trudny trening, rywalizując o zaszczyt pilotowania Bogini i chronienia ludzkości przed zagrożeniem ze strony Victim. W pełnym akcji oraz emocjonalnych pojedynków świecie pełnym przyjaźni, poświęcenia i determinacji, Zero musi zmierzyć się nie tylko z wymagającymi treningami, ale również z własnymi słabościami, aby spełnić swoje marzenia.

