W odległej przyszłości Ziemia została w dużej mierze opustoszała wskutek niszczycielskiego ataku tajemniczych istot zwanych Festum. Ludzkość chroni się w izolowanych enklawach, próbując przetrwać w cieniu ciągłego zagrożenia zagładą. Jednym z takich miejsc jest spokojna, odizolowana wyspa Tatsumiyajima, która na pierwszy rzut oka wydaje się rajem, wolnym od koszmarów wojny. Jednak nadchodzi moment, gdy pozorny spokój zostaje przerwany przez powrót groźby w postaci Festum.
Młody Kazuki Makabe oraz grupa jego przyjaciół zostają zmuszeni, by zasiąść za sterami olbrzymich mechów zwanych Fafnerami, stanowiących jedyną broń, jaką ludzkość ma przeciwko potężnym przeciwnikom. Stając na czele desperackiej walki, bohaterowie szybko uświadamiają sobie, że los całego rodzaju ludzkiego zależy od ich odwagi, determinacji oraz umiejętności współpracy. W tle towarzyszą im złożone pytania o cel istnienia, poświęcenie i wartość ludzkiego życia w obliczu bezwzględnego zagrożenia.
