W dalekiej przyszłości planeta Mars staje się areną przetrwania ludzkości, która przez swą pychę doprowadziła Ziemię na skraj zagłady. Eve, tajemnicza dziewczyna obdarzona niezwykłymi zdolnościami psychicznymi, wychowywana jest w odizolowanej kolonii zwanej Edenem. Jej życie zmienia się diametralnie, gdy dowiaduje się o ciążącym na niej przeznaczeniu: jako ostatnia przedstawicielka specjalnie hodowanych ludzi, tylko ona jest w stanie uratować lub potępić ludzkość. Rozdarta pomiędzy obowiązkiem a pragnieniem wolności, Eve musi zmierzyć się z postępującym kryzysem ekologicznym oraz zagrożeniami ze strony osób, które pragną wykorzystać jej moce dla własnych celów. „Mother: Saigo no Shoujo Eve” jest poruszającą opowieścią science-fiction, w której intryga splata się z moralnymi wyborami i dramatem osobistej tożsamości głównej bohaterki.