Po dramatycznych wydarzeniach pierwszego sezonu, świat wciąż staje na skraju zagłady, kiedy wojna z kosmicznymi istotami znanymi jako BETA przybiera na sile. Drugi sezon anime „Muv-Luv Alternative” kontynuuje historię Takeru Shirogane, młodego żołnierza, który znalazł się w alternatywnym świecie nękanym przez bezlitosną inwazję obcych. Uzbrojony w wiedzę o nadchodzących zdarzeniach oraz determinację, aby zmienić tragiczną przyszłość, Takeru musi przeciwstawić się coraz bardziej zaciekłym atakom wroga oraz politycznym intrygom i walkom pomiędzy ludźmi. Podczas gdy czas nieubłaganie płynie, Takeru i jego towarzysze nadrabiają straty, a desperacka bitwa o przetrwanie staje się coraz bardziej gorzka. Seria utrzymana jest w klimacie mrocznego sci-fi, z intensywnymi scenami akcji, dramatycznymi zwrotami wydarzeń oraz głębokim naciskiem na rozwój bohaterów i tragedię wojny.
