Nanako SOS opowiada historię Nanako, uroczej i pogodnej nastolatki posiadającej nadzwyczajne moce, które sprawiają, że staje się dziewczyną-superbohaterką. Stworzona w laboratorium profesora Ishikawy, Nanako próbuje odnaleźć swoje miejsce w codziennym, szkolnym życiu, jednocześnie korzystając ze swoich umiejętności, aby pomagać przyjaciołom i środowisku. Mimo swoich niezwykłych możliwości Nanako często wpada w komediowe tarapaty, wynikające przede wszystkim z jej naiwności, dobroduszności i niespodziewanych efektów ubocznych jej mocy. Seria łączy elementy fantastyki, slapstickowego humoru oraz lekkiej, pozytywnej atmosfery. Przygody Nanako pełne są zabawnych sytuacji, pogodnych chwil i emocjonujących potyczek, które pomogą jej dorosnąć, poznać znaczenie przyjaźni i odkryć, kim chciałaby naprawdę być.
