„NieR:Automata Ver1.1a” przenosi nas do postapokaliptycznego świata, który został opanowany przez maszyny stworzone przez obcych. Ludzie, zmuszeni do wycofania się na Księżyc, pokładają nadzieje w wytworzonych przez siebie androidach zwanych żołnierzami YoRHa. Dowodzona przez wszechstronną bojową androidkę o nazwie YoRHa 2-gou B-gata „2B,” grupa ta walczy o odzyskanie Ziemi od jej najeźdźców.
W miarę trwania wojny z maszynami, YoRHa zaczynają dostrzegać pierwsze iskierki prawdy leżącej u podstaw brutalnego konfliktu. Stawiając czoło surowej rzeczywistości przed nią, niezłomna wojowniczka 2B zaczyna kwestionować swoje istnienie i zastanawiać się, ile musi poświęcić dla dobra ludzkości.