„Pokemon Advanced Generation” to kontynuacja przygód Satoshi i jego wiernego Pikachu. Po licznych zmaganiach w Lidze Johto, Satoshi decyduje się na nowe wyzwanie, tym razem w krainie Houen. Nie jest sam, dołącza do niego 10-letnia Haruka, która nie jest wielką fanką Pokemonów, ale chce zobaczyć świat. Towarzyszą im także stary znajomy Satoshi, Takeshi oraz młodszy brat Haruki, Masato. Razem przemierzają Houen, walczą z liderami siłowni, biorą udział w konkursach i innych wydarzeniach na drodze do Ligi Houen.