Po emocjonującym turnieju Ligi Isshu, Satoshi wraz z przyjaciółmi wyrusza na nową przygodę do tajemniczych „Białych Ruin”, które mają związek z legendarnym Reshiramem. Tam spotykają enigmatycznego chłopaka o imieniu N, który twierdzi, że potrafi rozumieć mowę Pokémonów, oraz poznają sekrety leżące u podstaw więzi między ludźmi a ich towarzyszami. Grupa zostaje wciągnięta w niepokojący eksperyment prowadzony przez Zespół Plasma, którego nikczemne plany zagrażają wszystkim Pokémonom. Badania przeprowadzone przez zagadkowego naukowca Achromę prowadzą nawet do sytuacji, w której Pikachu i Kibago stają się wrogami swoich opiekunów. Prawdziwe intencje bezwzględnego przywódcy, Ghetsisa, powoli wychodzą na jaw, a dawno niewidziany Zespół Rocket powraca do regionu Isshu, gotowy zmierzyć się z nowymi przeciwnikami. Seria przenosi widza w atmosferę pełną napięcia, tajemnicy i walki o wolność Pokémonów, łącząc emocje z niezwykłymi przygodami.
