Himeji Wakaba jest zwykłą uczennicą szkoły podstawowej, która od urodzenia posiada zdolność widzenia duchów oraz innych nadprzyrodzonych stworzeń. Niestety, dar ten powoduje, że dziewczynka jest postrzegana przez rówieśników jako dziwna, przez co czuje się odizolowana i samotna. Jej życie ulega zmianie, gdy pewnego dnia napotyka tajemniczą, różową istotę o imieniu Pupipo. Sympatyczny nowy przyjaciel szybko zbliża się do Wakaby, pomagając jej radzić sobie z uciążliwymi duchami i pokonać samotność. Pupipo!, utrzymane w pogodnym i humorystycznym tonie, śledzi historię Wakaby, która dzięki przyjaźni i wsparciu nietypowego towarzysza stopniowo staje się odważniejsza i otwarta na nowe relacje. Anime jest lekką, urokliwą opowieścią z delikatnymi elementami grozy, łączącą motywy szkolne z motywami nadnaturalnymi.
