Ayato Kamina jest zwykłym nastolatkiem, który nagle odkrywa, że jego rzeczywistość jest jedynie iluzją stworzoną przez tajemniczą organizację znaną jako Mu. Uwięziony w odizolowanym Tokio oddzielonym od reszty świata tajemniczą barierą, Ayato spotyka tajemniczą kobietę o imieniu Haruka Shitow, która pomaga mu uciec poza granice znanego mu miasta. W nowej rzeczywistości nastolatek zostaje wciągnięty w konflikt między ludzkością a Mu. Pilotując potężną, enigmatyczną maszynę o nazwie RahXephon, która reaguje na dźwięki i emocje swego operatora, Ayato poszukuje prawdy o swojej przeszłości i miejscu na świecie. „RahXephon: Tagen Hensoukyoku” przedstawia alternatywną opowieść w formie filmu, łącząc elementy dramatu psychologicznego, romansu i wielowymiarowej akcji sci-fi. Produkcja charakteryzuje się subtelnie melancholijną atmosferą, złożonymi emocjonalnie bohaterami oraz niezwykle ekspresyjną grafiką i muzyką.

