Ayato Kamina jest zwykłym nastolatkiem żyjącym w Tokio, mieście całkowicie odizolowanym od reszty świata przez tajemniczą barierę. Jego codzienność rozpada się wraz z nagłym atakiem istot zwanych „Mu”, które pojawiają się, by rzucić ludzkości wyzwanie. Podczas zamieszania Ayato zostaje wplątany w konflikt zbrojny dwóch przeciwnych frakcji i staje się pilotem tajemniczego giganta – RahXephona, potężnej istoty zdolnej do walki z nieznanym zagrożeniem. Odkrywając prawdę o swoim otoczeniu, Ayato próbuje pogodzić się z własną tożsamością i wyjaśnić tajemnicze związki między nim samym a zagadkowym pojazdem. RahXephon to pełna tajemnicy, filozoficznych tematów oraz intensywnej akcji historia, której ton stopniowo przechodzi od fantastyki mecha do głębokiej refleksji o ludzkiej egzystencji, pamięci i rzeczywistości.
