„Sekirei” to historia o niezwykłym spotkaniu 19-letniego Minato Sahashiego, genialnego, ale nieszczęśliwego młodzieńca, który po raz drugi nie zdał egzaminów na studia, z piękną, nadnaturalną kobietą, Musubi. Musubi to Sekirei – humanoid z innej planety o niezwykłych zdolnościach. Sekirei znane są z pocałunków, które budzą ukryte moce u ludzi noszących gen Ashikabi. Dzięki spotkaniu z Musubi, Minato zostaje wplątany w świat Sekirei i musi wziąć udział w ryzykownej grze o przetrwanie zwaną „Planem Sekirei”. Jednak ryzyko jest większe, niż się początkowo wydaje.