„Sekirei: Pure Engagement” to drugi etap bitewnego turnieju znanego jako Sekirei Plan. Shintou Teito zostało zamknięte; żaden Sekirei ani Ashikabi nie może opuścić miasta. Minato Sahashi wraz ze swoją grupą Sekirei muszą teraz przygotować się do nowych walk, gdy zasady gry ulegają zmianie. Niektóre grupy rezygnują z walki, kierując się miłością do swoich Sekirei, decydując, że bezpieczeństwo ukochanych jest ważniejsze od nagrody. W świecie pełnym zagrożeń, bliscy Minato mogą być bardziej zaangażowani, niż on kiedykolwiek przypuszczał. Plotki mówią, że do gry wkraczają „Single Numbers”, najpotężniejszy rodzaj Sekirei. Wszystko odbywa się zgodnie z planem „Game Mastera” Minaki Hiroto.