W fantastycznym świecie Daikuriku wszyscy ludzie rodzą się jako kobiety, a swoją stałą płeć wybierają dopiero po ukończeniu siedemnastu lat. Spokój tego świata zostaje zachwiany, gdy wybucha wojna między dwiema sąsiednimi krainami. Główną bronią konfliktu stają się starożytne maszyny latające zwane Simoun, pilotowane wyłącznie przez dziewczęta, które nie dokonały jeszcze wyboru dorosłej płci. Historia koncentruje się na Aer, młodej i utalentowanej pilotce, która wraz ze swoją drużyną stara się sprostać wyzwaniom wojny i odkryć tajemnice leżące u podstaw niezwykłych maszyn. Simoun przedstawia złożone kwestie tożsamości, przyjaźni oraz odpowiedzialności wobec bliskich, utrzymując jednocześnie melancholijny i melancholijno-refleksyjny klimat.
