W roku 2029 miasto Niihama przekształciło się w technologicznie zaawansowaną metropolię. Dzięki ogromnym postępom w dziedzinie cybernetyki, mieszkańcy mogą zastępować swoje kończyny częściami robotycznymi. Świat stał się bardziej zintegrowany niż kiedykolwiek wcześniej, a Sekcja 9 Bezpieczeństwa Publicznego miasta odpowiedzialna jest za zapobieganie korupcji, terroryzmowi oraz innym niebezpiecznym zagrożeniom, które pojawiły się w wyniku globalizacji.

Silna i niezłomna Major Motoko Kusanagi z Sekcji 9 prowadzi śledztwo w sprawie tajemniczego hakera, znanego jako „Lalkarz,” który zostawia za sobą ofiary pozbawione wspomnień. W futurystycznym świecie Lalkarz posiada ciało niemal całkowicie robotyczne, co daje mu niezwykłą moc.

Podążając śladem enigmatycznego przestępcy, Motoko i jej podwładni wplątują się w coraz bardziej skomplikowaną zagadkę, zwłaszcza gdy w sprawę angażują się także inne jednostki, w tym Sekcja 6. Stawiając czoła skomplikowanej naturze sprawy, Major zmuszona jest do refleksji nad różnymi filozoficznymi pytaniami, takimi jak sens jej własnego życia. Szybko zdaje sobie sprawę, że odpowiedzi na te pytania może jej udzielić tylko sam Lalkarz.