„Toaru Majutsu no Index II” to kontynuacja dynamicznej opowieści pełnej akcji i humoru. Główni bohaterowie, Touma Kamijou ze swoją zdolnością do negowania mocy i jego sojusznicy, stają do walki z esperami i magami, by chronić bliskich. Zarówno starych jak i nowych sprzymierzeńców oraz wrogów spotkamy po drodze. Świat magii i Akademia Miasta nadal są w konflikcie, a bitwa, która zaczyna się coraz bardziej zaostrzać, przekracza granice nauki i magii.