Tomo Aizawa to energiczna dziewczyna znana ze swojej siły, pewności siebie oraz chłopięcego zachowania. Od dziecka jej najlepszym przyjacielem jest Junichirou Kubota – chłopak, którego darzy uczuciem. Niestety dla Tomo, Jun widzi w niej jedynie kolegę i zupełnie nie zauważa, że jest ona dziewczyną. Zirytowana tym faktem Tomo postanawia zerwać z dawnym wizerunkiem i dopuścić do głosu kobiecą stronę swojej osobowości. Jednak przezwyciężenie dotychczasowych zwyczajów oraz wyzwań związanych z ich długotrwałą przyjaźnią okazuje się bardziej skomplikowane niż przypuszczała.

Historia pełna jest komediowych sytuacji, nieporozumień i uroczych chwil, w których Tomo desperacko stara się pokazać swoją kobiecość, podczas gdy Jun powoli zaczyna dostrzegać, że ich relacja nie pozostaje bez zmian. „Tomo-chan wa Onnanoko!” to lekka, pełna humoru i romantycznych emocji opowieść o przyjaźni, pierwszej miłości i odkrywaniu swojej prawdziwej osobowości.