Jest rok 2205. Po dramatycznej wojnie z Gatlantisem, ludzkość stopniowo odbudowuje swoją cywilizację na Ziemi. Jednak pokój okazuje się ulotny, gdyż nowa groźba zaczyna pojawiać się z głębin kosmosu, stawiając przed załogą legendarnego pancernika kosmicznego Yamato kolejne, jeszcze bardziej niebezpieczne wyzwania. Pod dowództwem doświadczonego i odważnego oficera Susumu Kodai, Yamato wyrusza w nową misję, aby ochronić nie tylko Ziemię, ale i cały wszechświat przed rosnącym zagrożeniem. Seria łączy elementy epickiej space opery z intensywnymi walkami, dramatem osobistych wyborów, głębokimi refleksjami nad odpowiedzialnością i ceną pokoju. Mimo mrocznych i dramatycznych wydarzeń, całość prezentowana jest w heroicznej, pełnej nadziei tonacji, ukazując walkę człowieka o przetrwanie, honor oraz przyszłość całego gatunku.
