Współczesna Japonia: choć dla wielu era legendarnych wojowników już dawno się skończyła, ninja wciąż istnieją – lecz ukrywają się w cieniu, z dala od publicznego wzroku. Kurou Kumogakure to młody, lecz obiecujący ninja należący do tajnej organizacji trzymającej swoich szpiegów w podziemiu współczesnego społeczeństwa. Spędzając leniwe dni w bezczynności i czekając na kolejne zadanie, Kurou niespodziewanie dostaje polecenie, które może odmienić jego życie. Wplątany w sieć mrocznych intryg, podstępnych wrogów i ukrytej wojny, musi nie tylko walczyć w cieniu, ale też poznać prawdę o samym sobie oraz własnym przeznaczeniu jako ninja. Seria „Under Ninja” umiejętnie miesza dynamiczną akcję, atmosferę suspensu oraz satyryczny humor, przedstawiając klasyczną tematykę ninja w niecodziennym świetle współczesnej Japonii.
