Po bolesnym rozstaniu ze swoim chłopakiem, Akane Kinoshita postanawia odreagować emocje w swojej ulubionej grze online. Podczas jednej z sesji spotyka tajemniczego, niezwykle zdystansowanego gracza o pseudonimie „Yamada”, który okazuje się gwiazdą popularnej gry RPG na poziomie 999. Chłodny, małomówny i obojętny wobec wszelkich romantycznych relacji, Yamada zdaje się być przeciwieństwem wrażliwej, energicznej Akane. Mimo początkowej niechęci ze strony chłopaka, stopniowo zaczyna się między nimi nawiązywać nietypowa relacja, która wykracza poza wirtualny świat. Wspólnie poznają swoje prawdziwe twarze i emocje stojące za nickami, a ich nietypowa znajomość przynosi zarówno ciepłe chwile, jak i komiczne niezręczności.
Yamada-kun to Lv999 no Koi wo Suru to lekka, pełna humoru i ciepła komedia romantyczna, opowiadająca o miłości, dorastaniu oraz budowaniu zaufania w czasach, gdy granica między rzeczywistością a światem online staje się coraz bardziej płynna.
