Po utracie rodziców w tragicznym wypadku bliźnięta Haruka i Sora Kasugano przeprowadzają się na wieś, do małego miasteczka Okukozome, gdzie spędzili dzieciństwo. Stopniowo dostosowując się do nowego życia, Haruka usiłuje opiekować się chorowitą i zamkniętą w sobie siostrą, jednocześnie nawiązując więzi ze starymi przyjaciółmi oraz nowymi znajomymi z lokalnej szkoły. Jednakże ciche dni w spokojnym miejscu nie są pozbawione napięć; Haruka mierzy się z zawiłymi emocjonalnymi dylematami, dotyczącymi jego uczuć oraz relacji z najbliższą osobą. Yosuga no Sora to nastrojowa opowieść o miłości, rodzinnych więziach i dorastaniu, utrzymana w delikatnym, melancholijnym tonie, poruszająca kontrowersyjne tematy i emocjonalne pytania o granice bliskości.
