Po emocjonujących wydarzeniach, które wstrząsnęły światem Digiwybrańców, bohaterowie próbują uporządkować swoje życie codzienne. Jednak niespodziewana epidemia zaczyna dotykać Digimony, powodując trudne do przewidzenia konsekwencje i zagrażając więzi między partnerami. W centrum zamętu znajduje się Meiko Mochizuki, tajemnicza dziewczyna powiązana ze swoim zdystansowanym partnerem, Meicoomonem. W obliczu nasilającego się zagrożenia Tai, Matt i reszta przyjaciół muszą zmierzyć się zarówno z zewnętrznym niebezpieczeństwem, jak i z własną niepewnością oraz pytaniami o wzajemne zaufanie. Digimon Adventure tri. 3: Kokuhaku kontynuuje narrację poprzednich części, oferując dramatyczną i emocjonalną opowieść o przyjaźni wystawionej na próbę, utracie kontroli i konieczności wyznania prawdy, niezależnie jak bolesna by ona nie była.
