„FLCL Alternative” to historia o Kanie Koumoto i jej przyjaciołach, którzy spędzają spokojne dni w małym japońskim miasteczku, gdzie każdy dzień zdaje się być taki sam jak poprzedni. Kana, uczęszczając do szkoły i spędzając czas z przyjaciółmi, marzy o czymś więcej. Próbując przełamać monotonną codzienność, dziewczyna i jej przyjaciele postanawiają zbudować rakietę. Jednak ich plany burzy pojawienie się robota i kobiety o różowych włosach, nazywającej siebie „Galaktycznym Detektywem”. Nagle życie Kany staje się o wiele bardziej ekscytujące, pełne nowych emocji, zmieniających się relacji i problemów z chłopcami. Czy Kana jest gotowa na takie niespodzianki?