„Grisaia no Rakuen” jest bezpośrednim ciągiem poprzedniej części – „Grisaia no Meikyuu”. Główny bohater, Kazami Yuuji, zostaje aresztowany pod zarzutem terroryzmu, mimo że Ichigaya wie, że jest niewinny. Wszystko komplikuje się, gdy Yuuji nie udaje się zabić Heatha Oslo, lidera organizacji terrorystycznej. Jednak dziewczyny z Akademii Mihama nie pozwolą, aby Yuuji stał się pionkiem w grze politycznej, a tajemnicza nowa postać, która pojawia się przed nimi, może zaoferować nadzieję.