Aharen-san wa Hakarenai śledzi losy Raidou Matsuboshiego, ucznia pierwszej klasy liceum, który pragnie nawiązać nowe przyjaźnie. Jego pierwsze spotkanie z koleżanką zza ławki, Reiną Aharen, kończy się jednak nieporozumieniem – dziewczyna milczy, a Raidou sądzi, że jest ignorowany. Z czasem odkrywa, że Reina jest nieśmiała, niezręczna społecznie i zbyt przywiązująca się do innych, co powodowało, że była odrzucana przez wcześniejszych rówieśników. Raidou postanawia pomóc Aharen otworzyć się przed innymi ludźmi, przy okazji sam wychodząc z własnej introwertycznej strefy komfortu. W miarę jak ich nietypowa relacja wesoło ewoluuje, napotykają na różne codzienne sytuacje pełne humoru i niezręczności. Seria, przedstawiona w lekkim i zabawnym tonie, eksploruje subtelności komunikacji międzyludzkiej i pokazuje, jak trudno czasem zrozumieć uczucia otaczających nas osób.