„AKB0048: Next Stage” to kontynuacja historii związanej z grupą 77. pokolenia adeptek zespołu AKB0048. W odpowiedzi na zaostrzenie działań przez Organizację Handlu Galaktycznego i DES przeciwko światu rozrywki, AKB0048 wprowadza ponownie wybory generalne i pozycję centralnej novy. Tym razem adeptki zostają wplątane w nową rywalizację, bezpośrednio przeciwko swoim poprzedniczkom. Jednak, gdy AKB0048 przywraca polityki, których nie widziano od czasów zniknięcia Acchan, pojawia się nowy, jeszcze potężniejszy wróg.