W tajemniczym, otoczonym murem miasteczku o nazwie Glie pojawia się młoda dziewczyna, rodząc się z kokonu bez żadnych wspomnień o swoim dawnym życiu. Nowo narodzona, nazwana Rakka, wkrótce odkrywa, że znajduje się w społeczności Haibane—istot przypominających anioły, posiadających szare skrzydła oraz aureole. Prowadzą one spokojne życie, przestrzegając surowych reguł narzuconych przez tajemniczą organizację Haibane Renmei („Przymierze Szarych Skrzydeł”). Podczas prób zrozumienia sensu swojej egzystencji, Rakka zżywa się z innymi Haibane i stopniowo odkrywa prawdy o świecie, w którym przyszło jej żyć. „Haibane Renmei” to subtelna, emocjonalna i alegoryczna opowieść, skupiona na tematach poszukiwania własnej tożsamości, przebaczenia i odkupienia, utrzymana w melancholijnym, refleksyjnym nastroju.
