„Aquarion Evol” to kontynuacja anime „Genesis of Aquarion”, rozgrywająca się dwanaście tysięcy lat później. Akcja dzieje się na planecie Vega, gdzie ludzkość jest zagrożona przez najeźdźców z pobliskiej planety Altair, której żeńska populacja została wyniszczona tajemniczą chorobą. Główny bohater, Amata Sora, skrywa tajemnicę umiejętności latania, o której nikt nie może wiedzieć. Pewnego dnia chłopak poznaje dziewczynę o imieniu Mikono Suzushiro, z którą szybko nawiązuje bliską relację. Gdy mieszkańcy Altair rozpoczynają masowe porwania kobiet z Vegi, Amata i Mikono zostają zmuszeni do podjęcia walki o swoją planetę jako członkowie organizacji Neo-DEAVA. Razem z innymi młodymi ludźmi posiadającymi specjalne moce pilotują gigantyczne maszyny bojowe Aquaria, które łącząc się, tworzą legendarnego robota – Aquariona. Seria łączy motywy wojny i miłości, ukazując zakazaną romantyczną więź rozwijającą się na tle zażartej walki o przetrwanie.
