„Aquarion Evol” to anime osadzone 12 000 lat po wydarzeniach z „Genesis Aquarion”. Ludzkość na planecie Vega żyje pod ciągłym zagrożeniem ze strony trans-dymensyjnych istot zwanych Porywaczami. W odpowiedzi na te ataki powstała organizacja Neo-DEAVA, używająca zaawansowanych mecha nazywanych Aquaria. W obrębie organizacji obowiązuje surowy podział na płeć: chłopcy i dziewczęta nie mają pozwolenia na kontakt a nawet na wspólne walki. Jednak wszystko zmienia się, gdy do walki dołącza zaawansowany mecha Porywaczy. Dwoje nastolatków, Mikono i Amata, zostaje wplątane w konflikt. Nieświadomie Amata zrywa tabu, wywołując Aquaria i zmusza do zakazanego sojuszu między płciami Aquaria. Jego działania mają daleko idące konsekwencje. Jak Amata potrafił przywołać Aquaria? Skąd wiedział o zakazanym sojuszu? I dlaczego Mikono również potrafiła pilotować mecha?