Podczas swojej podróży przez Archipelag Pomarańczowy, Ash Ketchum z przyjaciółmi trafia na festiwal obchodzony na jednej z egzotycznych wysp. Według miejscowych legend, harmonia trzech legendarnych ptasich Pokémonów—Zapdosa, Moltresa i Articuno—utrzymuje równowagę świata. Ale gdy pewien kolekcjoner postanawia porwać legendarne stworzenia, równowaga zostaje zakłócona, co wywołuje potężny kataklizm. Jedyną nadzieją na ocalenie świata jest mityczny Pokémon morski Lugia oraz pewien wybraniec, na którego przepowiednia wskazuje jako na klucz do przywrócenia porządku. Ash musi podjąć największe wyzwanie i stanąć w samym centrum konfliktu, by ponownie sprowadzić pokój między siłami żywiołów. Pełna emocji i przyjaźni przygoda ukazuje wartość odwagi, jedności oraz prawdziwą siłę kryjącą się w każdym z nas.
