Szalona komedia sci-fi opowiadająca o perypetiach licealistki A-Ko Magami, nastolatki obdarzonej niezwykłą siłą. W spokojnym mieście Graviton City codzienność A-Ko upływa na chodzeniu do szkoły, przyjaźni z ekscentryczną, wesołą C-Ko Kotobuki oraz nieustannych konfliktach z rywalką o imieniu B-Ko Daitokuji. B-Ko, bogata i inteligentna uczennica, za wszelką cenę usiłuje zdobyć uwagę C-Ko, co zawsze kończy się epickim starciem z A-Ko. Sytuacja komplikuje się dodatkowo, gdy miasto zostaje zaatakowane przez dziwnych kosmicznych intruzów, co wciąga bohaterki w jeszcze bardziej absurdalną i widowiskową przygodę. „Project A-Ko” to bezpretensjonalny, zabawny pastisz popularnych motywów anime lat 80., łączący humorystyczną akcję z parodią gatunkowych schematów science-fiction.
