„Cutie Honey Universe” to opowieść o walce dobra ze złem. Główną bohaterką jest Honey Kisaragi, uczennica katolickiej szkoły dla dziewcząt, która staje do walki z diaboliczną Sister Jill. Ta pragnie zdobyć Urządzenie Naprawcze Powietrznego Elementu, które pozwala Honey transformować się w siedem różnych form. W tym celu Sister Jill wysyła swoich sługusów na misję związaną z grupą Panther Claw i napadem na jubilerkę. Tymczasem Honey musi zmierzyć się z innym zagrożeniem, gdyż Sister Jill także jest obecna na miejscu, podszywając się pod inspektora Geneta.