Historia skupia się na Minori, wrażliwej dziewczynie, która z powodu swojej słabej kondycji fizycznej oraz zamkniętego charakteru staje się ofiarą bezlitosnego prześladowania ze strony rówieśników. Pomimo samotności i codziennych trudności, dwójka jej kolegów z klasy – Takashi i Kyoko – od dawna przygląda się sytuacji, ale nie wie, jak jej pomóc. Pewnego dnia otrzymują tajemniczą wiadomość, zapraszającą ich na letni festiwal w pobliskim miasteczku. Od tego czasu relacja między nastolatkami zaczyna powoli się rozwijać, a młodzi bohaterowie próbują pokonać własne obawy, zbliżyć się do samotnej Minori oraz odnaleźć sposób na przeciwstawienie się izolacji, której doświadcza dziewczyna. „Clione no Akari” to wzruszająca opowieść utrzymana w melancholijnym, delikatnym tonie, ukazująca wagę przyjaźni, odwagi oraz empatii wobec cierpienia drugiego człowieka.
