W alternatywnej wersji Japonii, gdzie rządy Tokugawy trwają do współczesności, kraj zmaga się z głębokim kryzysem wewnętrznym. Akademia Buou staje się epicentrum tajemniczych wydarzeń związanych z pojawieniem się wojowniczek – legendarnych mieczy wcielonych w piękne dziewczęta-samurajki.
Główny bohater, Muneakira Yagyuu, przybywa do akademii na zaproszenie swojej przyjaciółki z dzieciństwa, Sen Tokugawy. Jednak szybko wpada w sam środek chaotycznego konfliktu między wojowniczkami o nadnaturalnych zdolnościach. Na domiar tego, los sprawia, że przypadkowo „budzi” moc legendarnej samurajki – Jubei Yagyuu. Wkrótce bohaterowie zostają wciągnięci w intrygi mogące zmienić przyszłość całego kraju.
„Hyakka Ryouran: Samurai Girls” łączy historyczne nawiązania do okresu Edo ze współczesnymi motywami akcji, komedii i ecchi, oferując zabawną, dynamiczną, a jednocześnie pełną emocji rozrywkę.
