Akcja Ingress: The Animation toczy się w świecie, w którym tajemnicza substancja określana jako XM (Exotic Matter) wypływa na rzeczywistość, umożliwiając niektórym ludziom rozwijanie nietypowych zdolności. Głównym bohaterem jest Makoto Midorikawa, detektyw potrafiący za pomocą dotyku odczytywać wspomnienia przedmiotów. Kiedy prowadzi dochodzenie w sprawie tajemniczego wybuchu w laboratorium, spotyka Sarah Coppolę, kobietę obdarzoną niezwykłymi zdolnościami wpływania na XM. Wkrótce oboje zostają wciągnięci w konflikt pomiędzy dwiema rywalizującymi frakcjami — Oświeconymi oraz Ruchem Oporu — walczącymi o kontrolę nad tajemniczą materią. Ingress: The Animation oferuje pełną akcji historię łączącą sci-fi i thriller, osadzoną w realiach globalnej konspiracji, gdzie granica pomiędzy wirtualnym światem a rzeczywistością coraz bardziej się zaciera. Czy bohaterowie odkryją prawdę skrytą za tajemniczą energią XM, zanim będzie za późno?