W przyszłości granica między człowiekiem a maszyną ulega zatarciu, a zaawansowane technologie cybernetyczne stają się integralną częścią społeczeństwa. W tym nowoczesnym świecie, major Motoko Kusanagi – agentka o złożonej cybernetycznej tożsamości i wyjątkowych umiejętnościach bojowych – staje na czele oddziału zwanego Sekcją 9. Zadaniem grupy jest ściganie niebezpiecznych przestępców, terrorystów i hakerów, którzy wykorzystują cybertechnologię do swoich celów. „Koukaku Kidoutai Arise: Alternative Architecture” przedstawia alternatywną telewizyjną wersję serii „Arise”, łącząc jej fabułę w jedną spójną całość i rozbudowując ją o dodatkowe treści. W dynamicznej akcji pełnej napięcia i intrygi, Major musi zmierzyć się z tajemniczą organizacją terrorystyczną oraz własną tożsamością, jednocześnie kwestionując istotę człowieczeństwa w świecie totalnego scalenia z technologią.
