W spokojnej wiosce położonej na prowincji Japonii dochodzi do tajemniczych incydentów przypisywanych nadnaturalnym zjawiskom. Aby zbadać sytuację, na miejsce przybywa Kohachi Inugami — detektyw specjalizujący się w sprawach paranormalnych. Tam poznaje tajemniczego chłopca zwanego Kabane, odrzuconego przez lokalną społeczność z powodu swego nietypowego pochodzenia i cech. Wkrótce okazuje się, że Kabane jest pół-człowiekiem pół-kemono, czyli istotą posiadającą moce nadprzyrodzone. Pod opieką detektywa chłopiec dociera do Tokio, gdzie dołącza do agencji zajmującej się konfliktami między ludźmi a kemono. Wraz z nowymi przyjaciółmi stawia czoła ukrytym niebezpieczeństwom, jednocześnie odkrywając prawdę o swojej przeszłości i poszukując odpowiedzi na pytania dotyczące własnej tożsamości. Kemono Jihen to przygodowa historia pełna tajemnic, przyjaźni oraz mrocznego humoru, osadzona na pograniczu dwóch światów — ludzkiego i nadnaturalnego.
