W świecie przyszłości, w którym granice między człowiekiem a maszyną są coraz bardziej zamazane, tajna organizacja Section 9 kontynuuje swoją walkę z zagrożeniami cybernetycznymi i terroryzmem. Dowodzona przez doświadczoną cyborg major Motoko Kusanagi, jednostka staje przed nowym wyzwaniem politycznym i społecznym—nasilającym się kryzysem uchodźczym oraz narastającym konfliktem między rządem a migrantami zwanymi „Indywidualnymi Jedenastoma”. Kiedy działania terrorystyczne eskalują, odkrycie kompleksowego spisku zmusza Section 9 do działania w cieniu rywalizujących interesów. Klimat serii cechują cyberpunkowa estetyka i filozoficzne refleksje o tożsamości, wolności jednostki oraz moralnych konsekwencjach postępu technologicznego. Kusanagi wraz ze swoim zespołem musi manewrować na styku polityki i technologii, nieustannie kwestionując granice lojalności i prawdziwe znaczenie człowieczeństwa.
