W niedalekiej przyszłości granica między człowiekiem a technologią zaciera się coraz bardziej, zaś cyberprzestępczość przyjmuje groźniejsze i subtelniejsze formy. Major Motoko Kusanagi oraz pozostali członkowie elitarnej Sekcji 9 muszą zmierzyć się z tajemniczą osobowością zwaną „Laughing Man” („Śmiejący się Człowiek”). Ten enigmatyczny haker, zdolny do przejęcia kontroli nad ludzkimi umysłami i systemami komputerowymi, wywołuje chaos w politycznych i społecznych strukturach Japonii. Podczas gdy Sekcja 9 stara się odkryć motywy oraz tożsamość napastnika, ujawniają się kolejne warstwy spisku obejmującego rząd, korporacje i media. W cyberpunkowym klimacie „Koukaku Kidoutai: Stand Alone Complex – The Laughing Man” zadaje kluczowe pytania o tożsamość, etykę i kondycję ludzką w świecie pełnym technologicznych zagrożeń i moralnej niejednoznaczności.
