Po heroicznej bitwie z tajemniczą rasą obcych znanych jako Gauna, załoga gigantycznego statku-miasta Sidonia kontynuuje swą podróż w poszukiwaniu nowego domu dla ludzkości. Wojna o przetrwanie trwa, a niebezpieczeństwo ponownie wzrasta, gdy Sidonia zbliża się do dziewiątej planety Układu Lem. Główny bohater, młody i utalentowany pilot mecha Nagate Tanikaze, staje przed kolejnymi dramatycznymi wyzwaniami na polu bitwy oraz zawirowaniami osobistych relacji. Tym razem konflikt jest jeszcze intensywniejszy, gdyż Gauna ewoluują, ukazując nowe, śmiertelnie groźne oblicze. W atmosferze napięcia, kosmicznych bitew i egzystencjalnych pytań o przyszłość gatunku ludzkiego, Nagate oraz jego towarzysze muszą znaleźć odwagę oraz siłę, by stawić czoła największemu zagrożeniu w historii Sidonii.
