W zaawansowanym technologicznie Mieście Akademickim trwają ostatnie przygotowania do wielkiego otwarcia kosmicznej windy „Endymion”, ambitnego projektu łączącego Ziemię z kosmosem. Kamijou Touma i Index spotykają Arisę Meigo, obdarzoną niezwykłym głosem dziewczynę, która w tajemniczy sposób przeżyła katastrofę lotniczą. Gdy Arisa zdobywa popularność jako piosenkarka, staje się celem nieznanych sprawców. Jednocześnie Touma oraz jego sojusznicy zmagają się z mrocznymi intrygami, które mogą wpłynąć na cały świat magii oraz nauki. Bohaterowie muszą odkryć prawdziwe motywy stojące za budową Endymionu oraz chronić Arisę przed nadchodzącym zagrożeniem. „Toaru Majutsu no Index: Endymion no Kiseki” to pełen dynamicznej akcji film anime, łączący elementy magii z futurystyczną technologią, kontynuując humorystyczny styl i napięcie znane z oryginalnej serii.
