W dalekiej przyszłości Ziemia znajduje się pod kontrolą bezwzględnych obcych okupantów, których władza przywraca ludzkości mroczne wspomnienia wojny i utraty wolności. Legendarny kapitan Harlock, znany kosmiczny pirat o duchu buntownika, nie chce zaakceptować tego zniewolenia. Zrządzeniem losu otrzymuje legendarny statek kosmiczny Arcadia, z którym podejmuje wyzwanie niesprawiedliwej dominacji. Wraz z wierną załogą przemierza pazury galaktycznych tyranów, gotów walczyć aż do samego końca. Ten dramatyczny i pełen nostalgii film przedstawia genezę Harlocka, jego nieugiętą determinację, walkę z opresją i cenę jaką przychodzi mu zapłacić za wolność i godność ludzką. „Waga Seishun no Arcadia” to refleksyjna, melancholijna opowieść science-fiction o odwadze, poświęceniu oraz poszukiwaniu osobistej arkadii w mrocznych czasach okupacji wszechświata.
