Po podboju galaktyki ludzkość osiągnęła swój szczyt, jednak teraz stoi u progu upadku. Wycieńczone zasoby wszechświata i masowy powrót 500 miliardów ludzi na Ziemię prowadzą do bezlitosnej wojny o kontrolę nad planetą. Władzę przejmuje autorytarne Gaia Sanction, która zakazuje ponownej kolonizacji Ziemi, dopuszczając na nią wyłącznie elitarną kastę dyplomatów. Kapitan Herlock, niegdyś wierny obrońca Ziemi i jeden z Elitarnych Skrzydlatych, buntuje się przeciw niesprawiedliwości i staje samotnie przeciwko reżimowi, ryzykując wszystko, by powstrzymać ich mroczne plany. Po stu latach legendarny kapitan, nieśmiertelny dzięki mocy ciemnej materii, podróżuje przez kosmos jedynie na pokładzie Arcadii, będąc ostatnią nadzieją dla tych, którzy pragną wolności. W starciu galaktycznych piratów z wszechwładną władzą rozegra się walka o przyszłość świata, gdzie prawda i bunt przeciw tyranii stają się najwyższą wartością. „Captain Herlock” to opowieść pełna dramatyzmu, epickich bitew i melancholii, osadzona w odległej, mrocznej przyszłości.
