Kyou Sogoru jest typowym uczniem liceum, którego życie sprowadza się do szkoły i treningów pływackich. Jednak jego spokojna codzienność ulega nagłemu zachwianiu, gdy spotyka tajemniczą dziewczynę imieniem Shizuno Misaki. Za jej pośrednictwem Kyou trafia do futurystycznego kokpitu potężnego mecha zwanego Zegapain. Wkrótce odkrywa, że rzeczywistość, w której dotąd żył, jest jedynie iluzją, podczas gdy świat na zewnątrz stoi u progu zagłady spowodowanej wojną z potężnym przeciwnikiem określanym jako Gards-orm. Tocząca się walka przełamuje granice między realnością a wirtualnym snem, a Kyou musi pogodzić się z prawdą o własnej egzystencji oraz przeznaczeniu, które stawia go na pierwszej linii frontu. Przywołując pytania dotyczące sensu istnienia, Zegapain w mroczny, lecz pełen nadziei sposób ukazuje historię młodości skonfrontowanej z odpowiedzialnością, bólem straty i determinacją w walce o przyszłość.


