Planeta Zi to świat, gdzie potężne biomechaniczne istoty, znane jako Zoids, współistnieją z ludźmi i są wykorzystywane często jako broń w nieustannych konfliktach. Historia rozpoczyna się, gdy młody chłopak o imieniu Van Flyheight przypadkowo trafia na dwa tajemnicze Zoids: srebrnego organoida o imieniu Zeke oraz uśpiony Zoid o imieniu Shield Liger. Wkrótce poznaje tajemniczą dziewczynę o imieniu Fiona, która straciła pamięć i posiada klucz do pradawnego sekretu. Razem przemierzają planetę, szukając wskazówek dotyczących jej zapomnianej przeszłości oraz tajemniczych sił, które mogą na nowo rozpętać chaos wojny. Pełna przygód, pojedynków robotów, politycznych intryg i niezwykłych przyjaźni, seria łączy dynamiczną akcję z tematami przyjaźni, odwagi i dojrzewania młodego bohatera stojącego wobec odpowiedzialności za przyszłość całego świata.