Ruuji Familon mieszka w niewielkiej, spokojnej wiosce, której życie odmienia się nagle, gdy zostaje zaatakowana przez armię Digald, dysponującą potężnymi Zoidsami—gigantycznymi, bojowymi robotami na wzór zwierząt. W poszukiwaniu ratunku Ruuji odkrywa Murasame Ligera, niezwykłego Zoida starożytnego pochodzenia. Razem z nowymi kompanami wyrusza w podróż, by ocalić swoją ziemię przed wyniszczeniem i tyranią. Świat, w którym żyją, po wojennej katastrofie znów popadł w chaos, a równowaga między ludźmi a maszynami została mocno zachwiana. Przygodowa historia Zoids Genesis utrzymana jest w klimacie akcji, dramatycznych starć oraz przyjaźni i odwagi młodych bohaterów, którzy mierzą się z siłami potężniejszymi od siebie, rozwijając się zarówno duchowo, jak i emocjonalnie.
