W chłodnej atmosferze futurystycznego miasta, samotny Keiichiro zmaga się z codziennością po utracie najbliższych. Pewnego dnia spotyka porzuconą androidkę o imieniu Flower, model przeznaczony zazwyczaj jako pomoce domowe, lecz obecnie już niemal wycofany z użycia. Keiichiro decyduje się przyjąć ją do swojego życia, a między nimi szybko nawiązuje się delikatna więź przypominająca rodzinę. W specjalnym odcinku przedstawione są dodatkowe szczegóły dotyczące codziennych doświadczeń bohaterów i małych, ale ważnych momentów, które odmieniają ich relację, stopniowo odbudowując nadzieję i poczucie ciepła. „Kowarekake no Orgel Special” to pełna subtelności i melancholii historia o wartości wspomnień, przemijaniu oraz potrzebie bliskości w czasach pozornie pozbawionych uczuć.

